En 1944, cuando llevaba cuatro años muerto, el Tribunal Especial para la Represión de la Masonería y el Comunismo dictó orden de detención contra Ponce Bernal. La causa 20-45 fue sobreseída en julio de 1945 y las actuaciones judiciales archivadas al conocerse su condición de difunto. El último folio de este legajo es de abril de 1946.